Der BDKJ und die Schulseelsorge arbeiten eng zusammen. Es gibt beispielsweise Schülermentorenausbildungen des BDKJ wie den "Fair-Trade-Mentor", Angebote von "WeltFAIRÄnderer-Wochen" als Projektzeit an Schulen, Angebote der Ganztagsbetreuung an Schulen und viele andere Berührungspunkte. Einmal jährlich treffen sich die Schulseelsorger:innen und die Jugendseelsorgekonferenz auf Dekanatsebene, um sich auszutauschen und neue Projekte zu entwickeln.